اندیشکده فضای مجازی ژرفا در هنگامه تأسیس در سال 1399 به حوزه‌های مختلف در زمینه مباحث سایبر می‌پرداخت. حقوق فضای مجازی، ساماندهی محتوا، پلتفرم‌ها و پیام رسان‌ها، مباحث بنیادین و فلسفی فضای سایبر، شبکه ملی اطلاعات، مطالعات مقایسه‌ای فضای مجازی در ایران و سایر نقاط جهان و غیره. این اندیشکده در 2 سال 1399 و 1400 با رویکرد گفتمان سازی، اقدام به برگزاری قریب به 600 نشست تخصصی و انتشار آن در خبرگزاری‌ها و شبکه‌های اجتماعی کرد. انجام پروژه‌هایی در حوزه‌های فیلترینگ، سلامت و فضای مجازی در ایام کرونا، آموزش الکترونیک، راهبری فرهنگ تولید در فضای مجازی و گفتمان سازی در حوزه پیوست فرهنگی فضای مجازی و صوت و تصویر فراگیر از دیگر فعالیت‌های اندیشکده فضای مجازی ژرفا در سال‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌های اخیر بوده است. هم اکنون اندیشکده فضای مجازی ژرفا بر افزایش بهره وری پیام رسانهای بومی متمرکز شده است.
